El origen de la Sociedad Norte de Nefrología se remonta al año 1974 tomando como origen la Sección de Nefrología de la Academia de Ciencias Médicas de Bilbao. Entonces se llamaba Sociedad Nefrológica de Norte. En 1994, esta Sociedad modificó y modernizó sus estatutos de cara a contribuir al progreso de los estudios sobre el riñón y sus enfermedades. Con este objetivo se empezaron a organizar las primeras actividades científicas y se fomentaron las relaciones con otras sociedades de índole similar. En ese momento su ámbito territorial se extendía a las Comunidades Autónomas de Cantabria, País Vasco, Navarra, La Rioja y la provincia de Burgos.
En el año 2008 se aprobó una nueva reforma de los estatutos para adaptar la Sociedad a la realidad geográfica y social de los nuevos tiempos. Así se excluyó a la provincia de Burgos del ámbito geográfico (por estar encuadrada en la Sociedad de Nefrología de Castilla y León) y se modificó el nombre pasando a denominarse Sociedad Norte de Nefrología.
Desde entonces diferentes Juntas Directivas han mantenido la actividad científica de la Sociedad a través de sus cursos y congresos.